En la antiguedad Santorini se llamaba Stróngoli, "la redonda", trás la erupción tal nombre perdió su sentido.

El volcán hizo explosión hace unos 3500 años y destruyó casi toda la isla. La erupción fue de tal magnitud, que provocó olas de hasta 200 metros de altura que barrieron las costas del Mediterráneo oriental. Toda la isla se cubrió de una gruesa capa de ceniza.

La isla ha sufrido otras erupciones devastadoras, 1707, 1866, 1870, 1926, 1928, 1939, 1941 y la última de ellas en el 1950, que destruyó en su totalidad los principales núcleos de población, Oia y Fira.

En 1967 se comenzaron las excavaciones en Akrotiri, una antigua ciudad sepultada por la erupción. Gracias a estas excavaciones y otras se han encontrado similitudes con la civilización Minoica de Creta, así como indicios de una avanzada tecnología. Muchos expertos creen que la erupción fue la responsable de la desaparición de esta civilización. Otros creen que fue la causa de la aparición de la leyenda de la Atlantida, e incluso inspiro a Platón en sus escritos sobre la mítica ciudad.