Tras la muerte de San Simeón en el año 459 los peregrinos no dejaban de llegar al lugar y el emperador Zenon mandó construir basílica, que es considerada la primera catedral de la cristiandad. Las bases de los habitáculos principales eran octogonales y estaban cubiertos por cúpulas.

Sufrió un terremoto que la destruyó casi por completo 50 años después de ser acabada, y durante el siglo VI fue ignorada.

Los bizantinos la reconstruyeron y a partir del siglo X atrajo de nuevo a muchos visitantes. Fue en esta época cuando se contruyeron edificios adyacentes y se amplió el complejo.